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同校の教育を語る上で欠かせない2大看板が、全国レベルの競技力を誇る部活動と、高度な専門教育を展開する芸術系クラスです。
ルーテル学院高校サッカー部は、全国高校サッカー選手権大会やインターハイへの出場歴を幾度も重ね、プロサッカー選手（Jリーガー）を多数輩出してきた熊本屈指の強豪です。人工芝グラウンドを備えた恵まれた練習環境と、戦術理解・人間形成を重んじる指導方針のもと、県内外から高い志を持つ選手が集結しています。激しい部内競争を通じて培われる規律と勝負強さは、卒業後のアスリートキャリアのみならず大学進学の推薦ルートでも強みを発揮しています。
また、普通科内に設置されたルーテル学院高校の芸術コース（音楽専攻・美術専攻など）は、私立高校としては九州内でも屈指の専門設備と講師陣を擁しています。東京藝術大学をはじめとする国公立芸術大学や有名音大・美大への合格実績をコンスタントに記録しており、一般教科と実技レッスンの両立を図りながら夢を追える貴重な環境が整っています。
