ベイリゾートホテル小豆島は、島内でも貴重な自家源泉「小豆島温泉」を保有しています。泉質は「低張性弱アルカリ性冷鉱泉」や「ナトリウム・塩化物泉」系統で、肌あたりの柔らかな湯ざわりと、湯冷めしにくい保温効果が特徴です。古い角質を落としつつ肌の潤いを保つ美肌の湯として、入浴後のしっとり感に定評があります。
大浴場および露天風呂からも内海湾の絶景を一望できますが、特別なプライベート感を求める宿泊者に絶大な人気を誇るのが有料の展望貸切露天風呂です。最上階付近に配された複数の貸切風呂からは、遮るもののない瀬戸内海の大パノラマや満天の星空を独占できます。
ただし、貸切露天風呂の利用には「完全予約制・先着順」という制約が伴います。特に夕暮れ時（サンセット）や夜のゴールデンタイムはチェックイン開始直後に枠が埋まってしまうケースが多いため、貸切風呂付きの宿泊プランを事前確保しておくか、当日の早い時間にチェックイン手続きを済ませることが肝要です。
