万座温泉の真価を語る上で欠かせないのが、その特異な泉質と効能です。日本一の硫黄含有量を誇る酸性硫黄泉（pH2〜3前後の強酸性）であり、冷え性、神経痛、皮膚疾患への適応症が認められています。石庭露天風呂では「姥湯」「大苦湯」「嬬取の湯」「竜の湯」など4つの異なる源泉が引かれており、黄色、白濁、透明に近い緑色など、視覚的にも湯の違いを体感できます。
しかし、この強力な泉質ゆえの「盲点」も存在します。ネット上では「美肌の湯だから長湯すべき」という言説が見受けられますが、強酸性と高濃度硫黄のダブル効果は身体への刺激が極めて強く、長時間の入浴は「湯あたり」を引き起こすリスクがあります。1回の入浴時間は10分〜15分程度に留め、こまめな水分補給を行うことが医学的にも推奨されます。また、銀製品や貴金属のアクセサリーは硫黄成分で瞬時に黒変するため、入浴前の取り外しが必須です。
さらに、日帰り温泉としての利用を検討している場合、利用時間（通常11:00〜18:00、最終受付17:00頃）や料金（大人1,500円前後）、清掃による湯止め日を事前確認する必要があります。連休やスキーシーズンは日帰り入場制限がかかるケースもあるため注意してください。
