東農大二を語る上で欠かせないのが、全国舞台で輝かしい実績を残し続ける部活動の存在です。
野球部は、春夏合わせて複数回の甲子園出場を誇る名門中の名門。群馬県内の激戦区を勝ち抜き、粘り強い全員野球で甲子園のスタンドを沸かせてきました。プロ野球選手も複数輩出しており、伝統の重みと最新の科学的トレーニングを融合させた指導体制が構築されています。
陸上競技部（中長距離・駅伝）は、全国高校駅伝（都大路）の常連校として全国にその名を轟かせています。数々の実業団トップランナーや箱根駅伝で活躍する大学選手を継続的に輩出しており、東農大二の襷（たすき）は全国の駅伝ファンから常に熱い視線を浴びています。
そして、音楽界で圧倒的な存在感を放つのが吹奏楽部です。座奏における全日本吹奏楽コンクールでの実績はもちろんのこと、特にマーチングバンド部門では全日本マーチングコンテスト金賞の常連として全国屈指のパフォーマンス力を誇ります。ダイナミックかつ繊細な演奏演技は、学校行事や地域イベントでも圧巻の熱狂を生み出しています。
