見た目以上に大きな隔たりが存在するのが、生物学上の分類だ。ヤモリは「爬虫類」の「有鱗目」に属し、トカゲやヘビの親戚にあたる。卵は乾燥に強い殻で覆われ、生まれたときから親と同じ姿で陸上生活に適応している。呼吸も生涯を通じて肺で行う。
これに対し、イモリはカエルと同じ「両生類」の「有尾目」に属する。幼体は水中でおたまじゃくしのように鰓（えら）呼吸を行い、成体になると肺呼吸と皮膚呼吸を中心に切り替わる。殻のないぷにぷにとした卵を水中に産み落とす点も、典型的な両生類の特徴だ。陸に完全適応したヤモリと、水から離れられないイモリ。進化の系統樹で見れば、両者は全く別のグループに位置している。
