利用者が最も直面しやすいトラブルが、国道九四フェリー混雑状況と突発的な国道九四フェリー欠航情報です。予約満席時でも当日乗船枠（先着順）が用意されていますが、大型連休時は朝6時の段階で数便先まで待機列が伸び、乗船まで2〜3時間待ちとなる事例も珍しくありません。
さらに、速吸瀬戸は潮の流れが速く、外海からのうねりを受けやすい海域です。台風接近時や冬季の発達した低気圧通過時には、強風や高波によって運航ダイヤが乱れる場合があります。
公式WEBサイト上でリアルタイム配信されている「運航状況・空席照会」は、15分〜30分単位で更新されています。天候不順が予想される日は、出発前の段階で必ずスマートフォン等から運航可否をチェックし、万が一の欠航に備えて別府・臼杵発着航路への振り替えや陸路迂回のバックアッププランを想定しておく危機管理が求められます。
