批判派が頻繁に用いる論理が、「旭日旗はナチス・ドイツのハーケンクロイツ（鉤十字）と同じ性格を持つ」という主張です。しかし、歴史学および国際政治学の観点から両者を同列に扱うことには決定的な誤りがあります。
ハーケンクロイツは、1920年に設立された特定政党（国家社会主義ドイツ労働者党＝ナチ党）の党旗として作られ、人種差別やホロコーストという特定の全体主義思想を象徴するために人工的に生み出されたシンボルです。戦後のドイツ連邦共和国刑法第86条のa項により、公の場での掲出が法的に厳格に禁止されている理由もそこにあります。
一方、日本の旭日旗は政党旗ではなく、古代から太陽を尊ぶ日本の文化風習に基づいた伝統的な意匠（吉祥文様）です。明治期の1870年に陸軍御国旗、1889年に海軍軍艦旗として採用された経緯を持ちますが、これは国家や軍の標識としての採用であり、特定の排他的思想を結社するために作られた旗ではありません。
国際的な類似例を挙げるならば、ドイツ軍が現在も車両や航空機に使用している「黒十字（鉄十字＝アイアンクロス）」や、大英帝国の植民地支配期を経ても使われ続ける英国の「ユニオンジャック」と同等のカテゴリーに属します。伝統的な国軍の紋章と、ナチスの犯罪的政党旗を混同する言説は、国際的な紋章学や法規範からも乖離しています。
