結論から明かすと、「賀茂別雷神社」と「上賀茂神社」は完全に同じ単一の神社を指しています。公的な登記や神社神道における正式名称は「賀茂別雷神社」であり、一般的な案内板や日常の観光ガイドでは呼びやすい「上賀茂神社」という通称が広く用いられています。
神社関係者や古記録の記述を紐解くと、この名称の違いには明確な理由が存在します。賀茂別雷神社の読み方は「かもわけいかづちじんじゃ」です。主祭神である「賀茂別雷大神（かもわけいかづちのおおかみ）」の御神名をそのまま社名としている点が大きな特徴です。
「別雷（わけいかづち）」という言葉は、「雷を別（わ）けるほどの強大な神威」を意味しています。雷は古来、天から降り注ぐ凄まじいエネルギーであると同時に、雨をもたらして作物を実らせる霊力と考えられてきました。その荒々しい力を制御し、あらゆる災厄を薙ぎ払う存在として崇められたことから、この神名が授けられました。
一方の「上賀茂神社」という通称は、京都を南北に流れる鴨川の上流（北側）に位置することに由来します。後述する下流の「下賀茂（下鴨）神社」と対をなす地理的関係から、平安時代以降の庶民や貴族の間で自然発生的に「上賀茂社」「下鴨社」と呼ばれるようになり、現在に至るまで定着しています。
