スポーツの名門という印象が先行しがちですが、教育環境としての山梨学院高校の偏差値や学業面のコース設計も高度に洗練されています。同校は主に難関大学進学を目指す「特進コース」と、学業と部活動・課外活動の両立を図る「進学コース」を設置しています。
特進コースの難易度は偏差値57〜59前後に位置し、国公立大学や早慶上理・GMARCHといった難関私立大学の現役合格をターゲットとした濃密なカリキュラムが組まれています。少人数制による手厚い個別指導や放課後講習が充実しており、一般入試で結果を出す生徒が年々増加傾向にあります。
一方の進学コースでは、山梨学院大学・山梨学院短期大学への内部推薦制度をはじめ、全国の指定校推薦枠を豊富に保持しています。学術とスポーツ・文化活動の双方において、生徒一人ひとりの適性に合わせた進学実績と大学合格者数の出口戦略が整えられています。