シーズン2の物語は、前作の悪夢のような死闘から数年後、スパイの世界から身を引いて静かに暮らしていた元英国兵ジョナサン・パインが、再び逃れられない諜報の迷宮へと引きずり込まれるところから幕を開けます。
平穏を破られたパインは、かつての身元を完全に捨て去り、「マシュー・エリス」という新たなID（偽名）を取得。彼が送り込まれたのは、麻薬と武器密売が複雑に絡み合う南米コロンビアの港湾都市カルタヘナでした。
パインの標的となるのは、冷酷非情な黒幕テディ・ドス・サントスが率いる巨大シンジケートです。カルタヘナの港に不気味に迫る「謎の積み荷」の正体を暴くため、パインは自らの命をチップにして組織の懐深くへと潜行していきます。誰が味方で誰が裏切り者か判別不能な二重三重の騙し合いが展開され、一瞬の隙も許されない心理戦が繰り広げられます。
