クリンダマイシンゲルを使用する上で最も警戒すべきは、「耐性菌（薬剤耐性アクネ菌）の出現」です。医療現場では、長期間にわたり外用抗菌薬を単剤で塗り続けた結果、薬が効かなくなるケースが深刻な課題となっています。
皮膚科学会の報告によると、抗菌薬の外用を数か月以上漫然と継続した場合、患部のアクネ菌が耐性を獲得し、以後の抗菌薬治療が難航するリスクが跳ね上がります。「最初は効いていたのに、2か月目から急に効かなくなった」と感じる場合、皮膚上で耐性菌が増殖している可能性が高いのです。
この耐性菌問題を回避するための標準的アプローチが、「ベピオ（過酸化ベンゾイル / BPO）」や「ディフェリン（アダパレン）」との併用、あるいは配合剤（デュアック配合ゲルなど）の活用です。ベピオは酸化作用によって細菌の細胞膜を直接破壊するため、理論上「耐性菌を作らない」という強力なメリットを持ちます。
急性期の激しい赤ニキビにはクリンダマイシンゲルを最長でも4〜8週間程度にとどめて速やかに炎症を叩き、その後はベピオやディフェリンなどの毛穴詰まりを解消する維持療法へシフトすることが、再発を防ぐための定石です。
