石垣やいま村の敷地奥には、国の天然記念物でありラムサール条約登録湿地でもある「名蔵アンパル」に直接通じる木道が整備されています。名蔵アンパル マングローブ散策路を進むと、ヤエヤマヒルギやオヒルギが群生する汽水域の生態系を目の前で観察できます。潮の干満によってミナミトビハゼ（トントンミー）やシオマネキが無数に蠢く姿は、天然の環境教育教材として非常に優れています。
さらに注目すべきは、園内奥に併設された石垣やいま村 カンムリワシ保護ケージ（アンパル塔周辺）の存在です。特別天然記念物であるカンムリワシは、石垣島内での交通事故や環境破壊によって個体数の減少が深刻視されています。やいま村では、怪我をして野生復帰が困難となった個体を保護・飼育し、生態保護の重要性を伝える啓発活動を行っています。
単なるアミューズメント施設にとどまらず、八重山の貴重な自然保護と生物多様性の維持を担う拠点としての側面を持つことが、この村の文化的価値を一段と高めています。
