川越東高校の教育課程は、最難関国公立大学・難関医学部現役合格を標榜する「理数コース」と、国公立大および難関私立大を目指す「普通コース」の2系統で構成されています。実質的な学力層を示す北辰テストの合格目安偏差値において、両コース間には明確なターゲット層の差異が存在します。
理数コースは、北辰テスト偏差値で68〜71前後の学力層が集中し、県立浦和、大宮、川越高校といった公立トップ校の併願校として盤石の位置づけを保っています。数学・理科の授業進度が極めて速く、高校2年次終了段階で高校課程の基礎をほぼ修了し、3年次は徹底した入試演習へとシフトします。
普通コースは、北辰偏差値64〜67がボリュームゾーンです。2年次進級時に文系・理系に分かれ、さらに成績上位者で構成される「選抜クラス」が編成されます。普通コースからでも東京学芸大学や埼玉大学などの国公立大、MARCH（明治・青山学院・立教・中央・法政）上位学部へ多数の合格者を輩出しており、地力の強さが窺えます。
