市場の主流であるホエイプロテインについて、原材料そのものの安全性や添加物を不安視する声も根強く存在します。特にホエイプロテインの危険性として取り沙汰されるのが、乳アレルギー反応とホルモン残存リスクです。カゼインアレルギーほど重篤ではないにせよ、牛乳アレルギーの体質を持つ人がホエイを多量に摂取すれば、蕁麻疹やアトピー様湿疹の悪化を招くリスクがあります。また、安価な海外製無名ブランド製品の一部において、過去に重金属の混入やラベル偽装が問題視された事例もあり、製品選定の質がダイレクトに健康を左右します。
さらに消費者の不安を掻き立てているのが、プロテイン人工甘味料の安全性です。多くの市販パウダーには、スクラロース、アセスルファムカリウム、アスパルテームなどが添加されています。これらは食品安全委員会や世界保健機関（WHO）等の国際機関によって厳格な一日摂取許容量（ADI）が設定されており、通常の摂取量で直ちに急性中毒や発がん性を引き起こす恐れはありません。
しかしながら、プロテイン毎日飲むデメリットとして、近年の分子生物学研究では「ノンカロリー人工甘味料が腸内細菌叢のバランスを攪乱し、耐糖能異常や甘味への依存性を高める可能性」が指摘されています。毎日3回、年単位で人工甘味料入りの甘いプロテインを摂取し続けることは、自然な味覚を鈍麻させ、消化器官のマイクロバイオームに未知の影響を与える潜在的懸念を排除できません。
加えて、液体だけで栄養を流し込む習慣は、咀嚼（噛むこと）の機会を著しく奪います。咀嚼によって分泌される唾液は消化を助け、満腹中枢を刺激しますが、プロテインに頼りすぎた生活は消化管本来の蠕動運動を低下させ、胃腸の怠惰化を招くという構造的なリスクもはらんでいます。
