本殿での参拝を終えた後に見落としてはならないのが、境内に点在する強力なご神徳を持つ境内社群です。主祭神である誉田別尊（応神天皇）や息長足姫尊（神功皇后）の力強い守護に加え、個別の悩みに寄り添う神々が祀られています。
特に近年、スマートフォンの普及による眼精疲労の深刻化や白内障・緑内障などの悩みを抱える人々から熱烈な支持を集めているのが、行田八幡神社 目の神社 評判の高さです。祭神に味鋤高彦根命（アヂスキタカヒコネノミコト）を祀り、眼病平癒の守護神として絵馬や「目のお守り」を求める人が絶えません。鳥居をくぐり真摯に手を合わせる人々の姿からは、視覚を守りたいという切実な願いが伝わってきます。
さらに拝殿脇に鎮座する「なで桃」も見逃せません。古事記において伊弉諾尊（イザナギノミコト）が黄泉の国の魔物を追い払うために投げた桃の実（意富加牟豆美命）に由来し、古来より厄災を祓い不老長寿をもたらす果実とされてきました。自身の患部や気掛かりな部位を思い浮かべながら撫でることで、病魔退散と延命息災の力を授かると信仰されています。このほか、忍城下七福神の大国主神社・恵比寿神社、美肌や皮膚病平癒で知られる瘡守（かさもり）稲荷社など、境内全体が「癒やしの総合拠点」を形成しています。
