「TRAIN SUITE 四季島」のツアー代金は、乗車区間や宿泊日数、そして客室グレードによって緻密に階層化されています。列車は全10両編成でありながら、客室フロアはわずか17室のみ。最大定員は34名という、極限まで密度を削ぎ落としたプライベート空間が基本設計となっています。
客室は主に3種類に分かれます。フラッグシップとなる「四季島スイート(メゾネットタイプ)」、平屋構造で広々とした「デラックススイート」、そして標準タイプでありながら高級ホテルのジュニアスイートを凌駕する「スイート」です。いずれも2名1室利用が基本ですが、一部の部屋では1人利用枠も設けられています。
四季島 1泊2日 料金は、南東北や甲信越地方を巡るコースを中心に設定されており、旅行代金としての四季島 最安値プランは1名あたり44万〜55万円前後(スイート2名1室利用時)から設定されています。一方、北海道から東北エリアをダイナミックに縦断する四季島 3泊4日 コース費用になると、スイートでも1名あたり85万〜100万円前後、最上級の四季島 スイートルーム 宿泊費は2名1室利用時で1名あたり140万〜195万円前後に達します。
ななつ星 四季島 料金比較を行うと、JR九州の「ななつ星 in 九州」が近年リニューアルを経て定員を絞り込み、3泊4日で1人あたり100万〜190万円超へとシフトしたのに対し、四季島も同水準のプレミアム価格帯を形成しています。単なる列車の運賃ではなく、全工程の飲食、観光ハイヤー、立ち寄り先での特別体験がすべてパッケージ化された「地上クルーズ」の正価として設定されています。