熊本県内の競技運営において中心的な役割を果たすのが、全日本軟式野球連盟熊本県支部とその傘下にある熊本市軟式野球連盟などの各地域支部です。公式戦への出場には、期日までに正確な登録手続きを済ませる必要があります。
熊本県軟式野球連盟への登録申請は、毎年1月から3月にかけて受付が行われます。公益財団法人全日本軟式野球連盟（JSBB）の公式登録システムを通じたオンライン申請と、所定の支部窓口への申請書類提出を併用する形が一般的です。
登録時には、チーム代表者情報、監督・コーチ・所属選手の資格確認、ユニフォーム規定（背番号の規格や胸マークのフォント配置）の確認が行われます。特に新規立ち上げチームは、所属クラス（C級など）の決定や年間登録料の納付期限に注意し、余裕を持ったスケジュールで申請を進めることが肝要です。
