館内に入ってまず目を奪われるのが、東京駅丸の内駅舎（重要文化財）の構造美をそのまま活かした展示空間です。
特に2階展示室の壁面には、1914年（大正3年）の創建当時の赤レンガがむき出しの状態で残されています。1945年の東京大空襲で被災した木レンガの焦げ跡や、戦災を物語る痕跡が今なお刻まれており、歴史の息吹を間近で感じることができます。現代のアート作品と100年の年輪を重ねた赤レンガ壁面が融合する空間演出は、この美術館ならではの醍醐味です。また、3階から2階へと続く八角形ドーム内の美しい木製階段や、頭上に広がる壮麗なドーム天井のレリーフなど、建築そのものがひとつの芸術作品として鑑賞者を魅了します。
