初めて訪れる人が最も混同しやすいのが、「JR山手線の原宿駅」と「東京メトロの明治神宮前駅」の関係性です。両駅は名称こそ異なりますが、実質的には同一敷地内の地上と地下に位置する接続駅となっています。
ただし、地下鉄線とJR線の間に直通の改札内通路は存在しません。一度地下改札を出て地上を経由する必要があるため、切符利用時の買い直しや交通系ICカードのタッチが必須です。乗り換え所要時間は歩行速度にもよりますが、標準で約3〜5分、混雑時は5〜7分程度を見込んでおく必要があります。
乗り換えをスムーズに行うための改札選びの鉄則は次の通りです。千代田線を利用した場合は「神宮前交差点方面改札（代々木公園側）」から地上に出ると、JR原宿駅の東口・表参道口がすぐ目の前に現れます。一方、副都心線を利用した場合は、後述する地下連絡通路を通って千代田線側へ移動するか、「明治通り北改札」から地上に出て神宮前交差点方向へ北上するルートが確実です。
