長崎市内の受験生にとって、最大の比較対象となるのが長崎東高校です。かつて総合選抜制度時代に切磋琢磨した両校ですが、長崎東高校が中高一貫教育校（併設型中学校の導入）へと舵を切ったことで、教育課程と学校文化に明確な差異が生まれました。
偏差値の観点から見ると、長崎東高校の高校入試偏差値は65〜67程度となっており、数値上は長崎西高校がわずかにリードしています。しかし、両校の差は単なる数値以上に「校風と学習アプローチの差異」として現れています。
長崎東高校は中高一貫の強みを活かした先取り教育、探究学習（スーパーサイエンスハイスクールや国際バカロレア認定等の先駆的プログラム）に強みを持ち、長期スパンでの豊かな人間形成と知的好奇心の醸成に重心を置いています。これに対して長崎西高校は、高校3年間で大学受験学力を極限まで高めるストイックなカリキュラムと、緻密に練られた大学受験対策の補習システムが最大の強みです。
高校受験から入学して旧帝国大学や医学部を本格的に目指す環境としては、周囲全員が高校からスタートし、徹底した受験指導環境に身を置ける長崎西高校が、今なお強い支持を集める傾向にあります。
