単行本完結によって最大の衝撃をもたらしたのが、虎杖悠仁と両面宿儺の血縁的ルーツです。連載中から「なぜ虎杖は特級呪物である宿儺の指に耐えうる器たり得たのか」という議論が絶えませんでしたが、新宿決戦の最中、宿儺自身の独白と羂索の因縁によってその真相が白日の下に晒されました。
千年前、宿儺は母の胎内で飢餓を免れるため、自らの双子の片割れを食らい尽くして誕生しました。その食われた双子の魂が巡り巡って現代に転生した存在こそが、虎杖悠仁の実父である虎杖仁（じん）だったのです。そして仁の妻・香織の肉体を羂索が乗っ取り、遺伝子と呪術的処置を施して産み落とした子どもが虎杖悠仁でした。すなわち、系図上における虎杖悠仁と宿儺の関係性は「実の伯父（叔父）と甥」であり、悠仁の底知れぬ身体能力や宿儺の呪力に対する強固な耐性は、偶然ではなく綿密に仕組まれた血の宿命であったことが立証されています。
一方で、呪術界を揺るがし続けた「御三家」の家系図にも目を覆うべき歪みが凝縮されていました。
五条悟と伏黒恵の複雑な疑似親子関係：
禪院家の血を引きながら呪力を持たずに家を追われた伏黒甚爾（パパ黒）は、息子の恵に類稀な相伝の術式「十種影法術」が発現したことを察知し、禪院家への売却を画策していました。しかし甚爾の死に際した遺言を受け、若き日の五条悟が介入。五条家から資金を用立てて禪院家への売却を阻止し、恵を自らの手元で保護しました。師弟であり、恩人であり、実質的な保護者（疑似親子）というこの二人の深い絆は、後に宿儺が恵の肉体を奪い、五条と対峙するという悲劇的な対決構図において読者の胸を激しく抉ることになります。
禪院家の崩壊と加茂家の失脚：
血統主義と男尊女卑が極まっていた禪院家では、術式を持たない禪院真希が執拗に虐待・差別されていました。しかし真依の死と引き換えに真希が「完全な天与呪縛」として覚醒した際、彼女の手によって当主を含む主力戦闘部隊（炳）が壊滅。御三家の一角は物理的に消滅しました。加茂家もまた、当主・憲紀が羂索に追放されて乗っ取られ、五条家も悟の絶対的な一強体制であったため、悟の敗死によって御三家の政治的支配力は名実ともに灰燼に帰しました。
