ホタルイカの沖漬けを語る上で、避けて通れない最重要テーマが「食の安全性」です。生のホタルイカの内臓には、旋尾線虫幼虫（主にType Xと呼ばれる幼虫）が高確率で寄生しています。この寄生虫を生きたまま摂取すると、食後数時間から数日で激しい上腹部痛や腸閉塞、さらには幼虫が皮下を移動して線状の皮疹を引き起こす「皮膚爬行症（ひふはこうしょう）」を発症する危険性があります。
かつて漁師が行っていた「生きたまま醤油に放り込む」という元祖・沖漬けの手法は、一見豪快で魅力的に映りますが、一般的な調味料（醤油、みりん、酒、食酢、塩）の浸透圧やアルコール度数では、旋尾線虫を死滅させることは不可能です。厚生労働省が策定した「生食用ホタルイカの取扱いについて」のガイドラインでは、安全性を担保するために以下のいずれかの処理を義務付けています。
- 急速冷凍処理：マイナス30℃以下で4日間以上、またはマイナス40℃以下で40分以上凍結すること。
- 一般的な冷凍庫基準：中心部まで完全に凍結させた後、マイナス20℃以下で24時間以上保持すること。
- 加熱処理：沸騰水に投入後、中心部まで十分に加熱（数分間以上沸騰）すること。
家庭用の一般的な冷凍庫は通常マイナス18℃前後に設定されていることが多く、業務用冷凍庫に比べて庫内温度が変動しやすい環境にあります。そのため、スーパー等で未冷凍の「生ホタルイカ」を購入して自宅で沖漬けを作る場合は、家庭用冷凍庫の強冷モードを使用し、「マイナス20℃以下で48時間以上」しっかりと冷凍保管する安全マージンを取ることが専門家からも強く推奨されています。
