神社を訪れれば正面に本殿があり、そこに御神体が安置されている光景が一般的ですが、上社本宮の拝殿奥には建物の中心たる本殿が見当たりません。この特異な構造こそが、諏訪大社上社本宮における本殿がない理由の中核をなしています。
古代日本の信仰において、神は特定の建築物の中に常住する存在ではなく、巨木（神木）や巨石（磐座）、あるいは峻険な山岳に天から降り立つ（降臨する）ものと考えられていました。諏訪大社上社本宮の境内背後には標高1,650メートルの守屋山（もりややま）がそびえ立っており、社殿そのものは山を直接拝するための礼拝施設として設計されています。現在の幣拝殿（へいはいでん）や左右片拝殿は、天保6年（1835年）から天保10年（1839年）にかけて名匠・立川和四郎富昌らが手掛けた国指定重要文化財ですが、その奥に広がるのは建物ではなく「神原（ごうばら）」と呼ばれる神聖な原生林と山そのものです。
さらに歴史を紐解くと、建御名方神（タケミナカタノカミ）および妃神の八坂刀売神（ヤサカトメノカミ）を祀る以前の原初信仰として、諏訪地域には土着の神「ミシャグジ神」や「洩矢神（モリヤノカミ）」を祀るアニミズムが存在していました。古記録や社家の伝承によると、中世以前の上社では現人神（あらひとがみ）である「大祝（おおほうり）」が神体そのものとして不可侵の権威を持っていました。建築物としての本殿をあえて造営しなかった背景には、自然物・神体山、そして生き神である大祝自身を依り代とした、古代祭祀の純粋な原型が今日まで奇跡的に保存された結果であると位置づけられます。
