中学校生活を充実させる要素として欠かせないのが犬山南部中学校の部活です。運動部・文化部ともに熱心な活動が展開されています。
運動系では陸上競技、野球、サッカー、バスケットボール、バレーボール、卓球などが活動しており、管内大会や西尾張地区大会で上位進出を果たす部活動も存在します。文化系では吹奏楽部や美術部などが活発で、地域のイベントや学校祭で日頃の練習の成果を披露しています。
現在、全国的に進められている休日の「部活動地域移行」に関しても、犬山市教育委員会の方針に沿って指導体制の整備が進んでいます。外部指導員の活用や地域クラブへの段階的移行により、教員の負担軽減と生徒への専門的指導の両立が図られています。