生きた赤虫は汚泥や河川の底床に生息しているため、かつては「病原菌や寄生虫を持ち込む最大の温床」と危険視されていました。実際、未処理の生赤虫を無消毒のまま水槽へ投入すると、エロモナス菌やカラムナリス菌、吸虫類などを持ち込み、水槽内で感染爆発を起こすリスクがゼロではありません。
現在のアクアリウムシーンにおいて、このリスクを根本から覆したのが国内大手飼料メーカーの処理技術です。特に業界標準となっているキョーリンクリーン赤虫の評判と口コミを検証すると、超低温急速冷凍に加え、紫外線（UV）殺菌とオゾン処理を施すことで病原菌を徹底除去する「無菌化プロセス」が極めて高く評価されています。アクアリストの間でも「クリーン赤虫に切り替えてから白点病や穴あき病の発生率が激減した」という声が多数を占めています。
一方、釣具店などで販売されている生赤虫の適切な保存方法と管理においては、徹底した洗浄と選別が欠かせません。濡らした新聞紙や専用の容器に入れ、冷蔵庫の野菜室（約5〜8℃）で保管し、死んで黒ずんだ個体は水質を一気に腐敗させるため毎日ピンセットで取り除く必要があります。
