お弁当箱を開けたときの見栄えを考えると、緑色のヘタが付いていた方がコントラストが美しく映えます。しかし、衛生管理の観点から見ると「ヘタ付きのままお弁当に入れる」のは極めて危険な行為です。
ミニトマトのヘタには微細な産毛が密集しており、水洗いをしても隙間に入り込んだ土や雑菌を完全に落としきることができません。さらに、ヘタと実の接合部は湿気がこもりやすく、黄色ブドウ球菌や大腸菌群などの雑菌が繁殖しやすい絶好の環境となっています。
温かいご飯や他のおかずと一緒に密閉されたお弁当箱の中は、時間が経つにつれて菌が増殖しやすい適温（20〜40℃）に達します。ヘタを残したままにしておくと、そこを起点としてお弁当全体に菌が広がり、食中毒を引き起こす原因になりかねません。お弁当に詰める際は、必ず最初にヘタを指で優しく外してから洗浄することが基本原則です。
