もち米とうるち米の最も本質的な違いは、米粒に含まれるデンプンの構造にあります。私たちが主食として食べるうるち米には、直線状の分子構造を持つ「アミロース」が約15〜20%、網目状・枝分かれ構造を持つ「アミロペクチン」が約80〜85%含まれています。これに対し、もち米のデンプンはアミロペクチンがほぼ100%で構成されています。
このアミロペクチンの枝分かれ構造は、水分を取り込むと網目状の結合がほどけ、極めて強い粘弾性（もちもち感）を生み出す性質を持っています。さらに重要なのが吸水スピードの圧倒的な差です。うるち米が中心部まで完全に水を吸い込むまでに約1〜2時間を要するのに対し、もち米は組織の隙間が広いため、わずか30分程度で飽和状態近くまで水を吸い上げます。
うるち米用の炊飯プログラムは「米が水を吸う時間」を計算して加熱プロセスが設計されているため、通常モードで白米と同じ水加減のまま炊飯すると、もち米が水分を過剰に抱え込み、加熱中に組織が崩壊して糊（のり）状のべちゃついた仕上がりになってしまいます。これが、普通に炊くと失敗する決定的なメカニズムです。
