寺社巡りや御朱印集めが定着した昨今、授与所や社務所の現場では様々な議論が生じています。インターネット上のコミュニティやSNSでは、「神社用とお寺用で御朱印帳を分けるべきか」という疑問が頻繁に交わされています。
全国の社寺関係者への取材や現場の実態を総合すると、大半の神社・寺院では混合の御朱印帳であっても記帳を受け付けています。しかし、伝統や格式を厳格に重んじる一部の寺院（特に浄土真宗の一派や古刹）や神社では、「神仏混淆を避けるため、他方の朱印が混ざっている帳面には記帳を断る」という運用をとっているケースが実在します。
現場での無用なトラブルを防ぎ、双方の信仰へ敬意を払う意味でも、「神社用」と「寺院用」で御朱印帳を2冊に分けて携行することが、愛好家や専門家の間では推奨されています。また、御朱印は単なる記念スタンプラリーではなく、「参拝・写経を納めた証」として授かる神聖な授与品です。お参りを済ませる前に授与所へ直行したり、転売目的で限定朱印を買い占めたりする行為は厳に慎むべきマナー違反とされています。
