1998年に現役を引退した後は、巨人の1軍・2軍打撃コーチや作戦コーチなどを歴任しました。指導者としての吉村氏は、自身の感覚を一方的に押し付けるのではなく、選手の個性や打撃フォームの長所を丹念に見極めるアプローチを徹底しています。
松井秀喜氏や高橋由伸氏、阿部慎之助氏、坂本勇人選手ら歴代の主力打者たちと真摯に向き合い、スランプ時には親身に寄り添いながら的確なアドバイスを送ったことで知られます。選手からの信頼は絶大であり、原辰徳監督体制を長きにわたり支えた参謀役としてもコーチとしての評判は非常に高く評価されてきました。