交通の要衝である一方、現地を利用する上で頭に入れておくべき特有の構造的弱点が存在します。
JR西日本の運行管理上、複線区間が続く和歌山駅〜海南駅間とは対照的に、海南駅から南の御坊・白浜方面は単線区間が主となります。そのため、海南駅きのくに線運行状況をチェックすると、南紀エリアで大雨や沿岸部の強風、シカ等の動物接触が発生した場合、単線区間での行き違い待ちが連鎖し、海南駅を発着する特急くろしお号にも15分〜30分程度の遅れが波及する傾向があります。台風シーズンや冬季の強風時には「JR西日本列車運行情報」アプリを事前に確認しておく姿勢が欠かせません。
また、突発的な混雑への備えも重要です。典型的な海南駅混雑理由と対策として挙げられるのが、マリーナシティで開催される夏期・年末年始の花火フェスティバルや大型連休のイベントです。イベント終了後の夜間には、マリーナシティから海南駅行きのバス待ち行列が数十メートルに達し、駅前のタクシーも出払う事態が発生します。対策としては、花火終了直後のピークを避けて島内の温泉施設や飲食店で1時間ほど時間をずらすか、事前に復路の特急指定席を予約確保しておく行動が極めて有効です。
切符の手配に関しても注意を要します。近年の駅窓口合理化に伴い、海南駅みどりの窓口営業時間は変更またはオペレーター対話型券売機「みどりの券売機プラス」への移行が進んでいます。有人窓口が混雑あるいは閉鎖時間帯であっても、多機能券売機やJR西日本のネット予約「e5489」を活用すれば、特急券の受け取りや座席指定がスムーズに完了します。
