常設展示室は「新潟県のあゆみ」「雪とくらし」「米づくり」「縄文の世界」などのテーマに分かれており、それぞれが独立した博物館に匹敵する充実度を誇ります。なかでも来館者を惹きつけてやまないハイライトが、信濃川流域から出土した火焔型土器（火焔土器）を中心とする縄文文化の展示です。
燃え盛る炎のような突起や緻密な鋸歯状文様が刻まれた土器の数々は、ガラスケース越しであっても凄まじい造形エネルギーを放っています。発掘された実物資料の比較展示によって、型式の変遷や地域ごとの微妙な差異まで深く理解できる構成です。
さらに圧巻なのが「縄文のムラ」と「雪国の暮らし」を再現した実物大の復元ジオラマです。竪穴住居が立ち並ぶ春・夏・秋・冬の情景や、豪雪地帯での民家の屋内の様子がリアルな人形や生活用具とともに精密に作り込まれており、まるで映画のセットに入り込んだような臨場感を味わえます。
