初めて京都を訪れる方からリピーターまで圧倒的な支持を集めるのが、東山を中心とした京都御朱印巡りおすすめルートです。主要寺社それぞれの最新状況を把握しておくことで、混雑に巻き込まれずスムーズに拝受できます。
東山の象徴である清水寺御朱印種類と待ち時間について、現場の授与所では本尊の「大悲閣」をはじめ、阿弥陀堂の「阿弥陀如来」、音羽の瀧の「不動明王」など常時10種類前後の御朱印が授与されています。観光シーズンの日中は30分から最長60分程度の待ち時間が発生するため、朝6時の開門直後から午前8時台の参拝が極めて有効です。
また、全国の稲荷神社の総本宮である伏見稲荷大社御朱印受付時間は、本殿横の授与所が通常午前8時30分から午後4時30分頃まで対応しています（奥社奉拝所や御膳谷奉拝所は受付時間が異なる場合あり）。千本鳥居を抜けた先まで巡る場合は往復の山歩き時間を計算に入れて行動しなければなりません。
祇園の中心に鎮座する八坂神社限定御朱印の初穂料に関しては、本殿御朱印（通常500円）に加え、青龍の力が宿るとされる「青龍」や境内社の美御前社・疫神社などの限定書き置き御朱印が500円〜1,000円前後の初穂料で授与されています。季節祭事ごとの限定墨書や特別和紙の授与も定着しています。
さらに、大鳥居がそびえる平安神宮御朱印巡りモデルコースとしては、以下の接続が最も時間効率に優れています。
- ステップ1（午前9:00）：平安神宮（大極殿での参拝と四神御朱印の拝受、神苑の散策）
- ステップ2（午前10:30）：岡崎神社（「うさぎ神社」として親しまれる境内で可愛い狛うさぎと御朱印拝受）
- ステップ3（午前11:45）：南禅寺（三門や水路閣の景観美を味わい、本坊にて御朱印拝受）
- ステップ4（午後1:30）：永観堂（禅林寺）（「みかえり阿弥陀」の御朱印と名庭の鑑賞）
