現場での観測を主導しているのは、施設整備や保全管理を担う国土交通省だけではない。国立研究開発法人海洋研究開発機構（JAMSTEC）や気象庁などの専門機関が密接に連携し、最先端の海洋科学研究を推し進めている。
気象庁は太平洋上で発生する台風の発達過程を捕捉するための気象観測センサーを連続運用。JAMSTECは深海底に眠る希少なコバルトクラストやレアメタルなど、豊富な海底鉱物資源の探査・調査を実施している。沖ノ鳥島周辺の深海に広がるポテンシャルは、資源貧国とされる日本にとって将来的なエネルギー自給率向上を左右する極めて戦略的な価値を秘めているのだ。
