初期乾燥を完璧にクリアしても、秋（9月下旬〜10月）を迎えると新たな壁に直面します。中心部から青い芽が伸びてきて、果肉がスカスカに痩せてしまう現象です。
にんにく芽が出る理由と対策を生物学的に解説すると、にんにくには収穫後約2〜3ヶ月間の「自発休眠期間」が存在します。この期間はどんな環境でも芽を出しません。しかし、秋風が吹いて気温が15℃前後に下がると休眠から目覚め（休眠打破）、発芽準備に入ります。芽が伸び始めると鱗片の糖分やアミノ酸が消費され、旨味も風味も失われてしまいます。
ここで役立つにんにく長期保存のコツが、温度の強制コントロールです。秋の気配を感じる前に、吊るしてあったにんにくの茎を根元から1〜2cmのところで完全に切り落とし、薄汚れた外皮を1枚剥いて純白の状態に整えます。その後、球ごとに新聞紙で包み、ポリ袋に入れて冷蔵庫のチルド室（0〜2℃付近）へ格納します。この氷点に近い低温下ではにんにくの生命活動が極限まで停止し、発芽も発根も完全に抑制されたまま、翌年5月の新にんにくの時期までみずみずしい食感をキープできます。野菜室（通常3〜7℃）に入れてしまうと、逆に「春が来たと勘違いして一気に発芽を加速させる」ため、必ずチルド室または冷蔵室の最冷部を選ぶのが秘訣です。
長期的な視点でまとめた収穫にんにくの保存詳細まとめとしては、夏場（6〜8月）は風通しの良い日陰で吊るし乾燥、初秋（9月以降）は新聞紙包装によるチルド室保管、あるいは使いやすい大きさに刻んでオリーブオイル漬けや冷凍保存にシフトさせるのが、最もロスを出さない現代の合理的なアプローチです。
