『犯人は僕です』のゲームサイクルは、大きく分けて「探索・裏工作パート」と「会議パート」の2つのフェーズで進行します。主人公・黒田（クロダ）が生き残るためには、別荘内を隈なく調査し、自身に不利な物証を消し去りつつ、他のサークルメンバーの弱み（スキャンダル）を暴いて標的を仕立て上げることが求められます。
裏工作パートでは、時間制限（行動ポイント）を意識しながら各部屋を探索します。怪しい箇所をタップして証拠品を入手したり、部屋の持ち主の秘密を暴くアイテムを見つけ出すのが基本です。探索を怠ると、夜の会議で反論の手札が不足し、即座に疑惑が主人公へと向いてしまいます。
夜に開催される会議パートは、メンバー同士の激しい追及をかわす舌戦の場です。選択肢を間違えたり、提示する証拠品を誤ると画面上部の「疑惑ゲージ」が上昇し、限界に達するとその場で犯人として拘束されゲームオーバーとなります。相手の発言の矛盾を突き、昼に手に入れた証拠を叩きつける冷静な判断が不可欠です。
