食品由来の安全なお茶であるものの、体質や持病によっては注意すべきリスクが存在します。
まず頻出するトラブルが、過剰摂取による下痢や腹痛、お腹の張り（腹部膨満感）です。原因はイヌリンにあります。普段から食物繊維をあまり摂っていない人が急に大量のイヌリンを摂取すると、腸内細菌による急激な発酵が起き、炭酸ガスやメタンガスが発生して腸管を刺激します。過敏性腸症候群（IBS）の傾向がある方は、低用量から徐々に身体を慣らすステップが不可欠です。
次に、腎臓や肝臓への影響についてです。健康な成人においては、ごぼう茶が肝機能や腎機能を損なう科学的根拠はありません。むしろ抗酸化物質による好影響が示唆されています。ただし、慢性腎不全などで医師からカリウム制限を指示されている患者は厳重な注意が必要です。腎機能が低下していると過剰なカリウムを尿中へ排出できず、「高カリウム血症」を引き起こして不整脈を誘発する恐れがあります。
また、ごぼうはキク科の植物であるため、ブタクサやヨモギ、カモミールなどにアレルギーを持つ方はアレルギー反応（発疹や口腔内の痒み）を起こす可能性があります。妊娠中・授乳中に関しては、ノンカフェインであるため基本的には安全ですが、子宮収縮を促す一部のハーブとは異なり穏やかな作用であるものの、体調が不安定な時期は過度な濃さでの多飲を避けるのが賢明です。
