参拝作法がこれほど峻別されているにもかかわらず、多くの日本人が寺社の境目を曖昧に捉えてしまうのはなぜでしょうか。その理由は、1,000年以上続いた「神仏習合（しんぶつしゅうごう）」と、明治時代に断行された「神仏分離（しんぶつぶんり）」という劇的な歴史の転換点にあります。
6世紀に仏教が日本に流入した当初、崇仏派の蘇我氏と排仏派の物部氏による激しい権力闘争が起きました。しかし聖徳太子の台頭などを経て仏教が国家鎮護の柱として受容されると、日本人は極めて柔軟な解釈を生み出します。「日本の神々もまた、迷いから救われるために仏教に帰依したいと願っている」という思想が芽生え、神社の境内に寺（神宮寺）が建てられるようになりました。
平安時代にはこれがさらに進化し、「本地垂迹説（ほんじすいじゃくせつ）」が定着します。これは「インドの仏や菩薩（＝本体である本地）が、日本の民を救うために神の姿（＝仮の姿である垂迹）をとって現れた」という論理です。例えば、天照大神（アマテラスオオミカミ）は大日如来の化身であり、八幡神は八幡大菩薩であると解釈されました。神社とお寺は完全に融合し、僧侶が神社で読経し、一般庶民も両者を分かつことなく一つの祈りとして受け入れていたのです。
この融和的な精神風土を暴力的に引き裂いたのが、1868年（明治元年）に明治政府が発令した「神仏判然令（神仏分離令）」でした。天皇を中心とする国家神道体制を急造するため、政府は神道と仏教を完全に分離し、神社から仏教色を一掃しようと試みました。これが地方で暴徒化したのが「廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）」運動です。全国の貴重な仏像、経典、五重塔が焼き払われ、数多くの寺院が破壊されました。
私たちが今日目撃している「神社とお寺の明確な境界」は、太古から自然に存在していたものではなく、明治初期の国家政策によって人為的に切り分けられた比較的新しい制度の名残です。日本人の深層心理に「神社もお寺も尊い聖地である」という寛容な宗教観が残り続けているのは、千年を超えて育まれた神仏習合の遺伝子が今なお息づいている証拠といえます。
