日本の室内飼育やビオトープで爆発的な人気を誇るメダカですが、メダカとの混泳相性を検証する際にも明確な注意点が存在します。
ミナミヌマエビとメダカの相性は極めて良好です。ミナミヌマエビが成魚のメダカを襲うことは100%あり得ません。むしろ注意すべきはメダカ側であり、孵化したばかりのミナミヌマエビの稚エビは、メダカにとって極上の生餌となります。稚エビを生存させたい場合は、ウィローモスやマツモ、アナカリスなどの水草を高密度に茂らせて「稚エビ専用のシェルター（隠れ家）」を構築することが必須条件です。
警戒が必要なのはヤマトヌマエビとの混泳時の注意点です。ヤマトヌマエビは基本的に温和なスカベンジャー（腐肉食性）ですが、飢餓状態に陥った個体や大型化したメス個体は、遊泳力が低下した生体に対して貪欲な捕食行動を見せます。
夜間、照明が消えて水底でじっと眠っている小型テトラやグッピー、老齢で泳ぎが鈍くなったメダカに忍び寄り、太いハサミで尾びれを抑え込んで生きたまま捕食してしまう痛ましい事故が散見されます。また、メダカが産卵した卵をヤマトヌマエビが器用にこそぎ取って食べてしまうケースも日常茶飯事です。メダカの繁殖や採卵を主目的とする水槽には、ヤマトヌマエビの投入は慎重であるべきです。
