自家用車やレンタカーで訪れる際に必ず把握しておきたいのが提携駐車場のシステムです。ネストホテル熊本には敷地内および近隣に提携駐車場（パスート24辛島公園など）が用意されており、1泊あたり約1,100円〜1,300円前後の優待料金で利用できます。ただし、先着順での案内となるため、週末や連休などの観光ハイシーズンには満車になるケースがあります。車幅制限や途中出庫の可否など、利用する提携先によってルールが異なるため、到着前にフロントへ確認しておくとトラブルを防げます。
また、チェックイン時間は15:00から、チェックアウト時間は11:00までとなっており、朝の支度を急かされずにゆったり過ごせる設定です。近年需要が急増しているデイユース（日帰り利用）プランも提供されており、新幹線や飛行機の出発までのスキマ時間、テレワークや集中作業のワークスペースとしても重宝されています。
