土浦日大の進学実績における最大の特徴は、日本大学への大規模な推薦枠を保持しながら、自力で一般入試を突破する高い進学指導力を併せ持っている点にあります。公式発表資料および過去数年の進路データによると、卒業生約800〜900名規模の中で、約4割前後が日本大学へ進学し、残る約6割が国公立大学や他私立大学へと羽ばたいています。
日本大学への内部推薦においては、付属校共通で実施される「日本大学基礎学力到達度テスト」（4月・9月実施）の標準化得点が極めて重要なウエイトを占めます。このテストで上位成績を収めることで、日本大学医学部・法学部・理工学部・薬学部といった人気・看板学部への切符を確保できます。
一方で、SHコースや特進コースの生徒は、早期から国公立大学や早慶上理、GMARCHへの現役合格を照準にした専用カリキュラムで学びます。筑波大学や茨城大学といった地元国立大学をはじめ、旧帝国大学への合格者を毎年輩出しており、「付属校だから大学受験の学力競争に弱い」という古いステレオタイプは完全に払拭されています。
