横浜みなとみらい万葉倶楽部の料金体系は、主に「セット入館料」「深夜料金」「客室宿泊料金」の3本柱で構成されています。2026年現在、大人の通常セット入館料は2,950円（税込・入湯税別）前後の水準となっており、これにはバスタオル、フェイスタオル、館内着のレンタル料が含まれています。
注意したいのが、深夜3時以降も滞在する場合に加算される深夜料金（約2,000円〜2,200円前後）です。仮に客室を予約せず、リラックスルーム（リクライナー席）で夜を明かす場合、合計で約5,000円台前半で一泊滞在が可能です。周辺のシティホテル相場が高騰する週末やイベント開催日において、この価格帯は依然として圧倒的なコストパフォーマンスを誇ります。
一方、専用の客室に泊まる宿泊料金は、平日1名利用で1万円台前半から、土日祝前日は2万円台〜と時期により変動します。また、人気の岩盤浴料金は追加で約1,100円〜1,300円（専用着・大判タオル付）が必要ですが、趣の異なる複数の鉱石ルームを時間無制限で利用できるため、半日以上じっくりデトックスしたい層から高い支持を集めています。
