石切神社の代名詞とも言えるのが、本殿前の2つの百度石の間を巡るお百度参りです。心願成就や悪縁断ちを願う際、最も格式高く効果的とされるこの作法には、事前に知っておくべき明確なルールがあります。
まず参拝の前に、授与所で「百度紐（ひも）」と呼ばれる専用のこよりの束（100本綴り）を授かります。準備が整ったら以下の手順で祈願を進めます。
【お百度参りの正しい基本作法】
① 本殿正面で深く一礼し、心の中で住所・氏名・願い事を明確に告げて祈願をスタートする。
② 本殿寄りの百度石から、鳥居寄りの百度石へ向かって時計回り（または指定の巡回方向）に歩く。
③ 百度石を1往復（または1周）するごとに、手元の百度紐を1本ずつ折り曲げて回数を数える。
④ 巡拝中は一切の私語を慎み、頭の中で祈願の内容を唱えながら無心で歩き続ける。
⑤ 100本すべての紐を折り終えたら、本殿正面へ進み、満願達成の感謝と祈りの礼拝を行う。
所要時間は個人の歩行ペースによりますが、おおむね40分から1時間程度を要します。体調や体力に不安がある場合は無理に100回を歩く必要はなく、自身の年齢の数や、区切りの良い回数（21回や50回など）で切り上げても神失礼には当たりません。
使い終わった百度紐は、本殿脇に設置された所定の納め箱へ感謝を込めて返納するのが一般的です。ただし、満願祈願の証として自宅へ持ち帰り、病気平癒や厄除けの御守り代わりに大切に保管しても問題ありません。粗雑に扱わず、神棚や清潔な引き出しに保管し、願いが成就した折に神社へお礼参りとして納めましょう。
