免疫細胞の約7割が集まる器官が「腸」です。そのため、腸内環境と花粉症の発症リスクには極めて密接な関係があります。
花粉症に悩まされない健康な人の腸内細菌叢を分析すると、特定の有用菌、特に酪酸菌やビフィズス菌が豊富で、菌の多様性が高いという共通項が浮かび上がってきます。酪酸菌が生成する「短鎖脂肪酸（酪酸）」は、先述した免疫のブレーキ役である制御性T細胞を増殖・活性化させることが分かっています。
また、花粉症にならない人の共通点として見逃せないのが、鼻や目の粘膜上皮が強固である点です。粘膜が乾燥や炎症を起こしていないため、花粉が上皮細胞の奥深くまで侵入せず、免疫細胞と接触する頻度自体が低く抑えられています。
