車でアクセスする場合、最も注意すべきなのは「アンパンマンミュージアム専用の無料駐車場は存在しない」という点です。施設に隣接する大型商業施設「神戸ハーバーランドumie」の立体駐車場・地下駐車場・モザイク駐車場を利用するのが最も便利で経済的なルートとなります。
umieの駐車場は、基本サービスとして平日は終日3時間無料、土日祝は終日2時間無料という破格の優遇設定が設けられています。さらに、umie館内でのお買い物金額（2,000円以上で＋1時間無料）や、umieメンバーズアプリの提示（＋1時間無料）を組み合わせることで、平日なら最大5〜6時間、土日祝でも最大4〜5時間まで駐車料金を無料にすることが可能です。
ただし、アンパンマンミュージアムの入場料自体はumie駐車場の割引対象外となる場合があるため、無料時間の延長を狙う際は、1階のオフィシャルショップやumieモザイク内のレストラン・提携店舗でのお買い物レシートを活用するのがポイントです。電車を利用する場合は、JR「神戸駅」または神戸市営地下鉄「ハーバーランド駅」から徒歩約8分。駅から海へと続く歩道「アンパンマンストリート」にはキャラクターの石像が点在しており、歩くだけで子どものテンションを高めることができます。
