「さび病にかかってしまったにんにくは、毒性があって食べられないのではないか」という懸念を持つ栽培者は少なくありません。結論から言えば、さび病菌（Puccinia allii）は植物にのみ寄生する絶対寄生菌であり、人体に対する毒素（マイコトキシン等）を産生しないため、地下の球根部分は加熱・生食問わず安全に食べられます。
農業試験場や現場農家の実証データからも、さび病菌が茎盤を越えて地下の鱗茎（にんにくの可食部）内部に侵入することはないと確認されています。ただし、「安全に食べられること」と「品質が保たれていること」は別問題です。発病時期と重症度によって、以下の影響が不可避的に生じます。
- 球根の肥大阻害（小玉化）：にんにくの玉が太る4月〜5月に葉がさび病で枯死すると、光合成で作られる同化産物が極端に減少します。通常のL〜2L規格に育つはずが、S〜Mサイズやピンポン玉程度の大きさに留まるケースが多発します。
- 糖度と風味の低下：光合成産物の蓄積が不足するため、にんにく特有の濃厚な甘みやアリシンの前駆体であるアイリンの含有バランスが崩れ、やや水っぽく淡白な味わいになりがちです。
- 貯蔵期間の大幅な短縮：外皮の充実度が低く、未熟な状態で収穫せざるを得ないため、収穫後の乾燥工程で萎縮しやすく、冬を越す前の秋口に萌芽や腐敗が始まりやすくなります。
なお、春先に収穫する「葉にんにく」や「にんにくの芽（トウ）」として食す場合は、オレンジ色の病斑部を切り落とせば可食自体は可能です。しかし、食感や見た目、風味が損なわれているため、病斑部位は思い切って破棄し、病気の影響を受けていない健全な部位のみを調理に使うのが現場の鉄則です。
