受験界隈で関心が高いのが、学力基準となる偏差値と学科ごとの難易度です。大手予備校（河合塾・駿台など）の最新入試統計データによると、順天堂大学スポーツ健康科学部の偏差値は47.5〜55.0のレンジに位置しています。私立大学の体育・スポーツ系学部の中では、早稲田大学スポーツ科学部に次ぐ上位グループを形成しており、法政大学や日本体育大学と並び称される難関水準を維持しています。
学部内は目的別に3つの学科へ分かれており、それぞれ求められる適性と学力バランスが異なります。
- スポーツ科学科：競技力向上やコーチング、体育科教員の育成に特化。実技能力を重視する入試枠が多く、トップアスリートも多数在籍。
- 健康科学科：医学・生理学・栄養学をベースに健康増進やメディカルトレーナーを育成。理系的な知識が求められ、学力試験の比重が高め。
- スポーツマネジメント学科：スポーツビジネス、マーケティング、イベント運営などを学ぶ文理融合型。小論文や共通テスト利用での募集枠が充実。
一般選抜における入試科目は、英語・国語（または数学）・選択科目に加え、学科や方式に応じて実技検査や小論文が課されます。近年は大学入学共通テスト利用入試の定員枠も安定しており、国公立大学（筑波大学や鹿屋体育大学など）との併願先としても定着しています。
