エホバの証人が社会的に最も強い拒絶反応や議論を巻き起こしてきたのが、医療現場における「輸血拒否」です。信者は自らの意思を表明するカード（通称「持続的委任状」や「免責証書」）を肌身離さず携行し、事故や手術で生命の危機に瀕した場合であっても、全血および主要4成分（赤血球、白血球、血小板、血漿）の体内への注入を断固として拒み続けます。
根拠とされているのは、創世記9章や使徒言行録15章に記された「血を避けていなさい」という聖句です。教団はこの記述を医学的輸血にまで厳格に拡大適用し、「血を体内に取り込む行為は神への背信であり、永遠の命を失う大罪」と位置づけました。たとえ肉体の死を迎えようとも、神の教えを守り抜けばハルマゲドン後の楽園で復活できるという信念が、本能的な生存欲求を凌駕してしまうのです。
この教義は、日本の法制史および医療倫理において極めて重い裁判闘争を引き起こしました。代表的なものが2000年に確定した「エホバの証人輸血拒否事件」の最高裁判所判決です。肝臓腫瘍の摘出手術に際し、輸血の可能性を隠したまま手術を行い輸血に踏み切った医師側に対し、最高裁は「患者が自らの治療方針を決定する権利（自己決定権）は人格権として尊重されるべき」と判断し、説明義務違反による損害賠償を命じました。
しかし、この判決は大人の判断能力がある信者に関するものです。極めて深刻な倫理的対立が続いたのが「自ら判断できない未成年・乳幼児の輸血拒否」でした。これに対し、日本輸血・細胞治療学会など関連5学会は合同でガイドラインを策定。15歳未満の小児については、親が強硬に輸血を拒絶しても「生命維持を最優先とし、児童相談所への通告および親権停止手続き（児童福祉法第28条・第33条の7）を経て輸血を実施する」という強固な救命プロトコルを確立しました。信仰の名のもとに子どもの生存権が脅かされる事態に対し、法と医療は明確な防波堤を築いています。
