三田本店を初めて訪れる人が最も緊張するのが、並び方と待ち時間、そして店内での独特の所作です。店舗は三角形の変形角地に立地しており、行列のルールを誤ると近隣通行の妨げとなるため、厳格な整列マナーが存在します。
行列の基本は「勝手口（厨房入り口）横の歩道から、店舗の壁沿いに裏手（自販機側・慶應仲通り側）へ折り返して並ぶ」方式です。歩行者の動線を塞がないよう、電柱や角地では隙間を空けて待機します。食券を購入するタイミングは「列が進んで先頭から5〜6番目、勝手口の券売機が見える位置に到達した時点」で一旦列を抜け、店内券売機でプラ券（プラスチック製食券）を買い、元の列に戻るのが定石です。
並んでいる最中に助手から「食券見せてください」「大きさは？」と尋ねられます。この段階でプラ券を助手に見せ、麺少なめや麺半分を希望する場合は「小の麺少なめで」と必ずここで申告します。麺上げのロットを管理しているため、着席後や出来上がり直前に麺量を減らすことはできません。
また、二郎は基本的に「1ロット（5〜6杯）」単位で同時に麺を茹で、同じグループに提供するロット制を採用しています。過度に食べるスピードが遅いと次ロットの進行を遅らせてしまうため、着丼後はスマートフォンを凝視しながらのダラダラ食いは厳禁です。水やレンゲ（三田本店にはレンゲがありません）を求めず、ただ黙々と麺と向き合う姿勢が暗黙の基本マナーとなります。
