広域直通の影響だけが原因ではない。宇都宮線（東北本線）そのものが抱える地理的・環境的アキレス腱も存在する。埼玉県北部から栃木県にかけての平野部をまっすぐに走り抜ける線形は一見爽快だが、強風による飛来物や架線トラブルが多発しやすいゾーンでもある。
さらに、久喜〜古河〜小山〜宇都宮エリアでは、夜間や早朝における野生動物（鹿やイノシシ）との衝突事故が後を絶たない。一度車両が衝突すれば、安全確認と制動装置の点検に最短でも30分以上の時間を要する。加えて、交通量の多い郊外型踏切での無理な横断も散発しており、これが朝のピーク時に発生することで破滅的な遅延を引き起こすのだ。
