事件捜査にあたった警視庁捜査一課の中でも、圧倒的な存在感を放っていたのが「カミソリ八兵衛」「落としの八兵衛」の異名をとる伝説の名刑事・平塚八兵衛であった。彼は吉展ちゃん誘拐殺人事件などで驚異的な取り調べ能力を発揮した人物だが、この三億円事件における「少年S真犯人説」に対しては、強固な懐疑論を展開した。
平塚八兵衛は、少年Sのアリバイや遺留品との整合性を綿密に再検証し、「Sは犯人ではない」と主張。捜査の焦点を別のアリバイ不透明な容疑者グループへと移すよう主張した。これに対し、地元で少年Sの素行を把握し、白バイの技術や動機を重視する府中警察署の現場捜査員たちは激しく反発。警視庁本部と地元警察署との間で、捜査方針を巡る深刻な対立が勃発したのである。
最終的に、少年Sの死は「自殺」と処理され、遺族への配慮や事件直前の行動履歴から「犯行時刻のアリバイが成立する」として容疑者リストから外された。だが、捜査本部の内部で交わされた議論の記録には、不自然なほど迅速にアリバイが認定されたプロセスへの疑問が残されたままであった。
